Na década de 1980, em Macaé, um grupo de pesquisadores iniciou o primeiro núcleo da UFRJ na região norte fluminense, o NUPEM, cujas atividades científicas iniciais se desenvolveram ao longo das lagoas costeiras da região. Passando-se mais de 2 décadas, em 2006, criou-se o primeiro crso de graduação da UFRJ fora da sede do Rio de Janeiro: Licenciatura  em Ciências Biológicas.

Nesse contexto, consolidou-se o Polo Universitário de Macaé com a ajuda de institutos da UFRJ como na criação de cursos de graduação em Macaé. Em 2008, historicamente, foi aprovada a criação do "Campus UFRJ-Macaé" pelo Conselho Universitário. Ao longo dos anos, fez-se necessária a aprovação de normas definitivas e iniciou-se um longo processo marcado por amplos debates de forma democrática entre as categorias.

O curso de Medicina da UFRJ - Macaé nasce como parte do processo de interiorização da Universidade no Estado, tendo sido criado em 2009, completando, em agosto de 2022, 13 anos. O curso foi construído com um projeto pedagógico que pretendia ajustar-se mais decisivamente às diretrizes curriculares nacionais que norteiam a formação médica, com uma perspectiva de formação de médicos generalistas, prontos para atuarem ao Sistema Único de Saúde (SUS).

O projeto é fruto de uma parceria com o município de Macaé, que se responsabilizou por grande parte das instalações físicas onde funciona o curso, incluindo os campos de prática, espaços fundamentais na formação dos alunos. Inicialmente a previsão era a de que os alunos cursassem a parte inicial do processo de aprendizado em conjunto com os cursos de Nutrição e Enfermagem e Obstetrícia que tiveram início no mesmo período. As singularidades da formação acadêmica em cada uma dessas áreas, assim como as demandas do corpo discente tornaram essa organização de difícil implementação e execução.

A primeira turma encerrou a graduação em julho de 2015 e, em março desse mesmo ano, a UFRJ Macaé obteve nota máxima pelo MEC. No ano de 2019 a UFRJ Macaé obteve nota 4, mantendo o padrão na qualidade do ensino da instituição.

Anos depois, em 2020, o Conselho Deliberativo do Campus aprovou o parecer da proposta que foi levada à pauta no CONSUNI e, em 8 de julho de 2021, durante a votação em uma sessão remota, todos os conselheiros da instância máxima da UFRJ votaram a favor da proposta da criação do Centro Multidisciplinar UFRJ-Macaé, um grande avanço para o desenvolvimento das atividades da universidade na região. Agora, a Universidade Federal do Rio de Janeiro passa a contar com 7 centros compondo sua estrutura média: Centro de Ciências Jurídicas e Econômicas (CCJE); Centro de Ciências Matemáticas e da Natureza (CCMN); Centro de Ciências de Saúde (CCS); Centro de Filosofia e Ciências Humanas (CFCH); Centro de Letras e Artes (CLA); Centro de Tecnologia (CT) e o recém-criado Centro Multidisciplinar UFRJ-Macaé.

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